Obóz Stutthof, założony został w chwili wybuchu II wojny światowej, w dniu 2 września 1939 r. Usytuowany niedaleko wsi Stutthof, w obrębie Wolnego Miasta Gdańska, w pierwszej fazie swojego istnienia miał odegrać szczególną rolę w realizacji rozwiązania kwestii polskiej na terenie Pomorza Gdańskiego. To tu, już od pierwszych dni wojny, osadzano ocalałych z pogromów, jakich dokonywały specjalne grupy operacyjne policji bezpieczeństwa i służby bezpieczeństwa (Einsatzgruppen der Sicherheitspolizei und Sicherheitsdienst), które mordowały Polaków i Żydów, a także osoby uznane za „elementy zagrażające” opanowaniu przez III Rzeszę Pomorza Gdańskiego, do których zaliczano także chorych psychicznie. Ich również objęto akcją zagłady, prowadzoną w ramach tzw. „akcji oczyszczania” (Säuberungsaktion).
Jeszcze przed wojną, działające na Pomorzu niemieckie „oddziały samoobrony” (Selbstschutz) sporządziły wykaz osób, według którego już od pierwszych dni wojny przystąpiono do masowych aresztowań. Osoby te w pierwszej kolejności miały zostać poddane planowej akcji eksterminacyjnej. „Akcją Tannenberg”, której celem miała być likwidacja „polskiego żywiołu” na terenie Wolnego Miasta Gdańska, miano przede wszystkim objąć przywódców społeczno – politycznych ludności polskiej z tego terenu, do których zaliczano polskie duchowieństwo, nauczycieli, członków Związku Zachodniego, Członków Ligi Morskiej i Kolonialnej, przedstawicieli polskich stronnictw i partii politycznych działających na terenie Wolnego Miasta Gdańska i całego Pomorza Gdańskiego.
Do stycznia 1942 r. obóz Stutthof nie podlegał bezpośrednio centralnym władzom SS w Berlinie. Nosił on wówczas nazwę Zivilgefangenenlager Stutthof i jako obóz lokalny był przede wszystkim miejscem internowania ludności polskiej z terytorium Gdańska i Pomorza Gdańskiego. Dopiero po dwóch latach starań, w dniu 7 stycznia 1942 roku, Stutthof został obozem koncentracyjnym.
Od 2 września 1939 r. komendantem obozu był SS-Obersturmbannführer Max Pauly, który sprawował tę funkcję do 31 sierpnia 1942 r. Po przeniesieniu go na stanowisko komendanta KL Neuengamme, zastąpił go SS-Hauptsturmführer Paul Werner Hoppe, pełniący funkcję komendanta KL Stutthof do końca istnienia obozu, tj. do maja 1945 r. Jego zastępcą, kierownikiem obozu z tytułem I Schutzhaftlagerführera, szefem Wydziału III w latach 1942 - 1945 był SS-Hauptscharführer Teodor Traugut Meyer. Był on odpowiedzialny za porządek i dyscyplinę na terenie obozu, odpowiadał za zakwaterowanie więźniów, ich zatrudnienie oraz nadzorował wykonywanie kar. Wydział III prowadził również centralną ewidencję więźniów.
Pierwszy transport więźniów, który przybył 2 września 1939 r. do wyznaczonego pod przyszły obóz miejsca, liczył około 150 osób. Zostali oni wyselekcjonowani z aresztowanych w dniu 1 września na terenie Gdańska Polaków i miejscowych Żydów, a następnie dostarczeni do obozu kilkoma autobusami miejskimi.
Od 1942 r. do obozu koncentracyjnego Stutthof zaczęły nadchodzić transporty więźniów z różnych regionów Polski i innych okupowanych krajów europejskich oraz z innych obozów koncentracyjnych.
W ciągu ponad 5 lat działalności obozu zarejestrowano w nim łącznie około 110 000 więźniów. Byli oni obywatelami 28 państw, zarówno europejskich, będących pod niemiecką okupacją, ale i państw neutralnych oraz Stanów Zjednoczonych, których napływ do KL Stutthof nastąpił od 1942 roku. Więźniów kierowały do obozu placówki policji, jak również przybywali oni w transportach z innych obozów koncentracyjnych oraz gett.
W przysyłanych wówczas transportach z obozów koncentracyjnych Buchenwald, Dachau, Neuengamme, Mauthausen, Flossenbürg i Sachsenhausen znajdowali się Polacy, Niemcy, Czesi, Holendrzy, Belgowie, Francuzi, Norwegowie, a także Żydzi.
W latach 1942 – 1944 do KL Stutthof napływały transporty więźniów z Dani, Norwegii i Finlandii oraz z Litwy i Łotwy. Na uwagę zasługuje tu grupa więźniów tzw. Ehrenhäftlinge (więźniowie honorowi), którą stanowili aresztowani i osadzeni w KL Stutthof w kwietniu 1943 r. przedstawiciele inteligencji litewskiej – profesorowie uniwersytetu, członkowie parlamentu, prokuratorzy, inżynierowie, księża, lekarze oraz przedstawiciele inteligencji łotewskiej. Wzmożony napływ członków łotewskiego ruchu oporu nastąpił w II połowie 1944 r., kiedy to w aktach obozowych odnotowano około 3000 Łotyszy.
Lata 1942 – 1944 to okres napływu do KL Stutthof więźniów także z innych regionów Polski. Dnia 22 maja 1942 r. po raz pierwszy pojawili się w KL Stutthof więźniowie z warszawskiego więzienia na Pawiaku. Kolejnych 859 więźniów z Pawiaka odnotowano w aktach obozowych dnia 25 maja 1944 r. Większość stanowili więźniowie polityczni, członkowie podziemnych organizacji działających w Warszawie. Pod koniec sierpnia i września 1944 r. do KL Stutthof przybyła największa grupa więźniów z Warszawy. Z obozu przejściowego w Pruszkowie przysłano wówczas łącznie 4432 osoby - cywilną ludność deportowaną z Warszawy w ramach likwidacji powstania warszawskiego, oraz grupę łączniczek Armii Krajowej.
W ramach likwidacji polskiego ruchu oporu przysyłano transporty ludności polskiej z terenów białostocczyzny. Za udział w partyzantce, czy też za udzielaną partyzantom pomoc lub ewentualne im sprzyjanie w latach 1943 – 1944 w KL Stutthof osadzono około 2500 chłopów polskich i białoruskich pochodzących z terenów wschodniej Polski.
Odrębną grupę, ze względu na sposób traktowania ich przez władze obozowe – izolację, wykorzystywanie do najcięższych prac, poddawanie selekcjom i likwidację metodami masowej zagłady, stanowili Żydzi, których łącznie osadzono w KL Stutthof około 49 000 osób. Byli obywatelami prawie wszystkich państw europejskich – Polski, Węgier, Litwy, Łotwy, Czech i Słowacji ale też Niemiec, Austrii, Francji, a nawet Turcji, Szwajcarii, Luksemburga, Lichtensteinu, Norwegii, Holandii, Belgii i innych.
W ciągu wszystkich lat działalności KL Stutthof na jego terenie odbywały się egzekucje mające na celu eliminację przede wszystkim jednostek niepożądanych, czy to ze względów rasowych, czy też politycznych. Egzekucje były też jedną z form zastraszenia i terroru stosowanego w obozie.
Pierwsze egzekucje miały na celu wyeliminowanie z więźniarskiej społeczności jednostek najbardziej zasłużonych dla polskości Pomorza Gdańskiego. W wyniku wyroku policyjnego sądu doraźnego (Standgericht) już 11 stycznia 1940 r. rozstrzelano 22 działaczy Polonii gdańskiej i pracowników polskich urzędów państwowych z terenu Wolnego Miasta Gdańska, a 22 marca 1940 roku, dalszych 67.
W latach 1942 – 1945 w okresie nasilenia się transportów z więźniami politycznymi wzrosła liczba wykonywanych wyroków śmierci w wyniku zastosowania „specjalnego traktowania” (Sonderbehandlung - SB). Niektórzy z więźniów przybywali do obozu już z wyrokami śmierci wydanymi przez Sondergericht lub Standgericht. Wśród więźniów straconych za działalność polityczną znajdowali się Polacy, głównie za przynależność do organizacji ruchu oporu oraz Rosjanie, przede wszystkim jeńcy wojenni.
Od połowy 1944 r. na terenie KL Stutthof w celu uśmiercania więźniów zaczęto stosować komorę gazową. Akcją bezpośredniej zagłady objęto głównie osadzone w II połowie 1944 r. Żydówki, wyselekcjonowane z przybywających transportów, które ze względu na zły stan zdrowia nie można było wykorzystać jako niewolniczej siły roboczej w niemieckim przemyśle zbrojeniowym. Śmierć w komorze gazowej poniosła również grupa 77 radzieckich jeńców wojennych, inwalidów przywiezionych z frontu wschodniego.
Innymi metodami, jakie zastosowano w ramach akcji „SB”, było rozstrzeliwanie strzałem w potylicę w pomieszczeniach krematorium czy też „szpilowanie”, czyli uśmiercanie zastrzykiem z fenolu, którą to metodę stosowano już od 1940 r. w celu likwidacji więźniów chorych psychicznie.
Naczelnym lekarzem KL Stutthof od kwietnia 1942 r. do 4 kwietnia 1945 r. był SS-Hauptsturmührer dr Otto Heidl. To on brał udział w selekcjach chorych więźniów w szpitalu obozowym, on prowadził nadzór podczas prowadzonej bezpośredniej akcji zagłady w komorze gazowej, likwidując transport inwalidów – radzieckich jeńców wojennych oraz wypełniając polecenia władz zwierzchnich w Berlinie odnośnie likwidacji Żydówek, jako jednostek nieproduktywnych.
W styczniu 1945 r. wojska radzieckie znajdowały się w odległości 40 – 50 km od Stutthofu. Zbliżanie się frontu wschodniego miało decydujący wpływ na podjęcie decyzji o ewakuacji obozu. 25 stycznia 1945 r. po zarządzonym przez komendanta obozu o godzinie 4 rano apelu, na trasę ewakuacji wyszło 7 kolumn, liczących od 1100 do 1600 więźniów. Dalsze dwie kolumny opuściły obóz 26 stycznia 1945 r. Celem docelowym więźniów stały się niemieckie obozy służby pracy (RAD), rozmieszczone w kilku miejscowościach w pobliżu Lęborka. Poszczególne kolumny osiągnęły cel w dniach od 2 do 4 lutego 1945 r. Do marca 1945 r. więźniowie przebywali w obozach ewakuacyjnych, gdzie głód i choroby nadal dziesiątkowały więźniów. Dopiero w dniach 9 – 12 marca więźniowie zostali przejęci przez wojska armii radzieckiej.
Po ewakuacji lądowej na terenie KL Stutthof pozostało ponad 12 000 więźniów, z których do 23 kwietnia 1945 r. przeżyło zaledwie 4508. Przez cały czas na terenie obozu panowała epidemia tyfusu. Jednocześnie przygotowywano się do drugiej ewakuacji drogą morską, co nastąpiło w dniach 25 i 27 kwietnia 1945 r. Więźniowie załadowani do barek w Mikoszewie u ujścia Wisły, poprzez przeładunek na Helu holowani byli w kierunku Zatoki Lubeckiej.
Dnia 9 maja 1945 r. pomiędzy godziną 7 a 8 rano wojska armii radzieckiej wkroczyły na teren obozu Stutthof. W obozie znajdowało się już jedynie około 140 więźniów, którzy nie wzięli udziału w ewakuacji obozu oraz grupa ponad 20 000 osób cywilnych, uciekinierów z Prus Wschodnich.
Z ogólnej liczby około 110 000 więźniów około 24 600 przeniesiono do innych obozów koncentracyjnych. W wyniku zastosowania bezpośrednich metod uśmiercania więźniów, jak również w wyniku wytworzonych ekstremalnych warunków bytowych, chorób, braku opieki lekarskiej oraz ciężkiej pracy, zwłaszcza w podobozach, a także w wyniku ewakuacji obozu, liczbę ofiar obozu koncentracyjnego Stutthof szacuje się na około 65 000, wśród nich około 28 000 to więźniowie narodowości żydowskiej. Około 23 000 zmarłych więźniów to ofiary obu ewakuacji KL Stutthof.