Pierwsze aresztowania polskich kolejarzy przez Niemców nastąpiły jeszcze przed wybuchem wojny. Henryk Tempczyk, w swoich wspomnieniach podaje, że pierwszych 36 z nich zostało aresztowanych już w lipcu 1939 r., dalszych 826 w pierwszych dniach wojny: Od początku czerwca 1939 r. na tym terenie [Wolnego Miasta Gdańska] zaczęły się aresztowania kolejarzy Polaków. Aresztowania miały na celu zdekompletowanie załogi specjalistów, a przez to sparaliżowanie normalnego toku pracy kolei. Do 31 sierpnia 1939 r., spośród aresztowanych uwięzionych zostało 35 kolejarzy.
Dopiero ostatniego dnia sierpnia 1939 r. zapadły decyzje o ewakuacji rodzin, o czym pisze Jan Strycharczyk, kolejarz z Wielkiej Wsi: Wreszcie dnia 31 sierpnia,[...] kolejowe stacje otrzymują zarządzenie od samego rana, aby rodziny pracowników kolejowych wyjechały natychmiast do Włodzimierza Wołyńskiego, bo jeżeli nie wyjadą, to kolej za dalszy ich los nie odpowiada. Pracownikom wypłacić natychmiast pobory do trzech miesięcy naprzód.
Swoje aresztowanie wspomina Jan Mienik, kolejarz z Gdańska: Mnie chciano aresztować 31 sierpnia na Dworcu Głównym. Przyszedł tam jeden z niemieckich urzędników i kazał jednemu robotnikowi zabrać dwie paczki butów[…]. Nie pozwoliłem na to, mówiąc, że samowoli nie ma – jak dadzą na piśmie, to urząd celny ma prawo zabrać i odrzuciłem tę paczkę z powrotem. Wtedy zauważyłem, że cały dworzec dookoła był obstawiony. Wchodzi „Schupo”, za nim Janek Potrykus, który był zastępcą kierownika ekspedycji i jakoś te sprawę z paczką zatuszowali. Oni wyszli, a ja wtedy zauważyłem, że niektórzy koledzy od nas zwiali, był tam między innymi Bernard Cywiński. Ja wytrzymałem do samego końca, do wieczora. Wieczorem wypłacili nam pieniądze. Zdziwiło nas to, bo to nie był ani pierwszy, ani piątek. […] Chcieliśmy więc obaj z Potrykusem jechać do Tczewa, ale jednak zrezygnowałem z tego, wsiadłem do tramwaju i pojechałem do domu, do rodziców[…].
O godzinie mniej więcej 21 czy 21,30 matka wyszła zobaczyć, czy ojciec wraca z pracy, bo ojciec pracował na poczcie polskiej, tymczasem ja siedziałem bez marynarki, pisałem list do żony. Dokumenty miałem wyłożone na stole. Wtedy z podwórka zastukali i weszło dwóch gestapowców w cywilu. Zapytali mnie czy Jan Mienik w domu – odpowiedziałem, że to właśnie ja, wtedy zabrali ten list, który pisałem do żony i od razu chcą mnie zabrać. Na to weszła matka – oddałem jej pieniądze, które otrzymałem tego wieczora. Zabrali mnie na Gestapo i tam od razu dostałem „przywitanie”. A przecież jeszcze wojny nie było. Był dzień 31 sierpnia. Od razu dostałem bicie – wiedzieli, że byłem komendantem Powstańców i wojaków na Oruni, wiedzieli też, że należałem do tajnej organizacji..[...] Tam dostałem takie bicie, że nie wytrzymałem i zrobiłem wysiadkę, upadłem, wycieram oczy,a jeden mnie jeszcze kopnął i zawołał: ”Stehe auf, du Schweine Hund”. Wstałem – zaprowadzono mnie do innego pokoju, jeden gestapowiec usiadł przy maszynie do pisania, drugi stanął w kącie, trzeci obok mnie i zaczęto spisywać moje dane[...]. Jak spisali to wszystko, to zaprowadzili mnie znowu do tego pierwszego pokoju, jeden z nich usiadł – stół stał przy ścianie, posadzono mnie też, dwóch stało przede mną, jeden z nich z pałką gumową i od nowa bicie [...]. Jakoś przestali, potem zaprowadzili mnie do góry, na dół, wchodzę i widzę, że tam pełno już kolegów. Dokumenty trzymałem jeszcze, byłem tam jakieś pół godziny – wpadli, zaczęli wywoływać nazwiska, zabrali nas na samochód – odjazd na Schiesstang – tam dopiero wszystko nam odebrali. Około pierwszej w nocy znowu dwóch wpakowali. W tej samej celi był jakiś Kamiński, podobno żołnierz niemiecki w cywilu. I tego razem ze mną drugiego września wywieźli do Stutthofu. Jan Mienik został aresztowany wraz z ojcem i dwoma braćmi.
Świadkiem wydarzeń w Viktoria Schule był inny więzień, Alfons Schramke: "Już w Viktoria Schule były pierwsze „wypłaty”. Tam było Gestapo i cywile. Siedzieli przy stołach i po kolei każdego wypytywali: gdzie urodzony, gdzie i do jakiej organizacji należał. Muszę przyznać się, że mnie trak¬towali troszkę lepiej niż innych, może dlatego że pracowałem na stoczni gdańskiej, ale moich kolegów tych co byli przy kolei to od razu bili strasznie. Od nich chcieli wiedzieć o tym przysposobieniu kolejowym i dlatego zaczęło się tam na nich lanie nie z tej ziemi, a u mnie obyło się jakoś bez tego”.
Z ponad 550 kolejarzy polskich, których nazwiska można ustalić na podstawie częściowo zachowanych dokumentów KL Stutthof oraz w większości na podstawie relacji własnych lub innych osób, ponad 200 zginęło w obozach Stutthof, Sachsenahsuen, Mauthausen-Gusen, Buchenwald, Dachau, Neuengamme.